برنامه ریزی برای ایجاد هفت منطقه آزاد جدید در کشور با وجود مشکلات فراوان در مناطق آزاد قدیمی ، با واکنش‌های متعدد و غالباً از جناح مخالف و منتقدان این طرح مواجه شده است. مناطق آزاد جدید به فراخور پیشرفت ستادی و عملیاتی هر منطقه علاوه بر برخی مشکلات و معضلاتی که کشور و مناطق قدیمی با آن دست و پنجه نرم می کنند، چالش‌های دیگری همچون نبود زیرساخت ادراکی، شناختی و قانونی بین مردم و نهادهای ذینفوذ در این مناطق، ضعف شدید زیرساخت‌های پسکرانه‌‌ای، جانمایی غیر کارشناسی (در برخی مناطق)، تصرفات غیرقانونی اراضی، ساختار سازمانی ناقص و مهمتر از همه «نارسایی اعتبار و منابع مالی ناکافی» برای بارگزاری پروژه‌های عمرانی و زیربنایی را نیز پیش روی خود می‌بینند.