دبیر اسبق شورای عالی امنیت ملی، در گفت‌وگویی مفصل با برنامه «ماجرای جنگ» به بررسی رویدادهای مهمی چون سانحه هواپیمای اوکراینی، حمله به پایگاه عین‌الاسد و موضوع شهادت رئیسی پرداخت. علی شمخانی در ششمین قسمت برنامه ماجرای جنگ درباره سقوط هواپیمای اوکراینی گفت: بعد از وقوع حادثه، سردار باقری با من تماس گرفتند و بلافاصله به رئیس‌جمهور اطلاع دادم. وظیفه‌ای نداشتم که این خبر را به آقای ظریف اعلام کنم. آقای روحانی از اول در جریان بود.برخی معتقد بودند که حادثه به دلیل جنگ الکترونیک آمریکا بوده، به همین دلیل سه روز برای اعلام رسمی نتیجه بررسی‌ها تأخیر داشتیم. در مراسم خاکسپاری یکی از قربانیان هواپیمای اوکراینی به بهشت زهرا رفتم. خانواده آنها با من برخورد بدی داشتند، اصلاً ناراحت نشدم، چون داغ بسیار بزرگی بود.