ادعا می‌شود برای برخی از دانشجویان تحصیلات تکمیلی ورودی ۱۴۰۱ و ۱۴۰۲ دانشگاه پیام نور مشکلاتی خاص رقم خورده است. دانشجویان دکتری از «آزمون جامع» محروم مانده‌اند و دانشجویان دوره کارشناسی ارشد امکان گرفتن دانشنامه خود را از دست داده‌اند. به آنها گفته‌اند علت بروز این مشکلات هم بروز تخلفاتی در زمان ثبت‌نام آنها از سوی مسئولان وقت دانشگاه پیام نور است. حالا این دانشجویان مانده‌اند و هزینه و وقت غیرقابل جبرانی که صرف این اعتماد کرده‌اند. آنها می‌گویند بر اساس فراخوان سازمان سنجش اقدام به ثبت‌نام در این دانشگاه کرده‌اند. زمانی که این سازمان اعلام می‌کند «مرکز بین‌الملل دانشگاه پیام نور براساس سوابق تحصیلی دانشجیو دکتری می‌پذیرد. دانشجویانی که یا در واحد‌های بین‌الملل قشم و کیش پذیرش می‌شوند یا در واحد‌هایی که نام کشور دیگری را یدک می‌کشند. واحد گرجستان، امارات، ترکیه و… شرایط برای این دانشجویان چنان سخت است که آنها در ۱۶ مهر ماه کارزاری با عنوان «حل مشکل صدور مدرک و آزمون جامع دانشجویان پیام نور بین‌الملل ورودی ۱۴۰۱ و ۱۴۰۲» راه اندازی کرده و خطاب به سیمایی صراف وزیر علوم خواستار رفع مشکل شده‌اند. با وجود همه این مشکلات، اما ناجی رئیس دانشگاه پیام نور می‌گوید فراخوان انجام شده توسط خود دانشگاه انجام شده نه سازمان سنجش: «پیگیر تخلفات هستیم و برای حل مشکل هم به دنبال راهکاریم.»