باوجود تأکید مسئولان دانشگاه آزاد مبنی بر اینکه این دانشگاه رشته غیرقانونی و بدون مجوز ندارد، شماری از دانش آموختگان رشته‌های بدون مجوز آن به علت دریافت نکردن مدرک تحصیلی به سازمان بازرسی کل کشور شکایت کردند.