یکی از مهم‌ترین چالش‌های پیش روی اجرای طرح تنفس، کمبود منابع مالی است؛ زیرا تا کنون درآمدهای حاصل از قطع چوب، بخش خصوصی را ترغیب می‌کرد که در جنگل اقدامات حفاظتی انجام داده و هزینه‌های ناشی از تدوین طرح یا جنگل‌کاری را عهده‌دار شود. با حذف این منبع درآمدی، باید به فکر روش‎های جایگزین بود.