یکی از نقاط ضعف مدیریت مناطق آزاد تجاری_صنعتی در سال‌های اخیر، مکان‌یابی نامناسب برای ایجاد مناطق جدید و نیز افزایش غیرکارشناسانه وسعت مناطق موجود است؛ مسئله‌ای که در کنار سایر معضلات این مناطق، مانند قاچاق کالا و ارز، عدم ثبات مدیریت، گسترش شرکت‌های صوری و ... نیازمند بازنگری و توجه جدی به برنامه‌های مدیریتی آتی این مناطق است.

لایحه برنامه ششم توسعه فرهنگی، اجتماعی و اقتصادی کشور که مشتمل بر 35 ماده است در مردادماه 95 به مجلس شورای اسلامی تقدیم شد در این لایحه منابع مالی، اولویت ها و احکام مورد نیاز توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی کشور برای مدت پنج سال پیش بینی شده است.