لایحه جامع انتخابات سعی کرده است به مناقشه همیشگی بر سر دخالت نیروهای مسلح در انتخابات پایان دهد. در صورت تصویب نهایی این لایحه، بسیج و نیروهای مسلح از هرگونه دخالت در امور اجرایی و نظارت منع شده‌اند.

روزنامه وقایع اتفاقیه نوشت: این نکته به آن دلیل اهمیت دارد که دخالت نظامیان در امر انتخابات به‌دلیل قدرت ذاتی‌ای که این نهادها دارند، تعادل انتخاباتی را برهم خواهد زد. به دیگر بیان، مداخله نظامیان در امر انتخاب موجب محدودیت گزینشگری مردم و نیز برهم‌خوردن برابری میان نامزدها خواهد شد.