حجت‌الاسلام محمد اشرفی‌اصفهانی حوزه علمیه شهید محراب اشرفی‌اصفهانی، خط قرمز من است و باید در اختیار من باشد،گفت: آقای پناهیان جایی را تحت عنوان «دارالحکمه» تأسیس کردند و از موقعیت و جایگاه حوزه ما استفاده کردند؛ در واقع ایشان مکان این حوزه علمیه را به‌عنوان مؤسسه دارالحکمه غصب کردند. جناب آقای پناهیان که رفقایی دارند که می‌توانند میلیاردی به ایشان کمک کنند، فضایی را هرچه سریع‌تر پیدا کنند و دارالحکمه خود را تحت عنوان هرچه هست، به آنجا انتقال دهند.

حجت‌الاسلام محمد اشرفی‌اصفهانی در انتقاد از علیرضا پناهیان گفت: «ایشان قصد دیگری دارد و به جای ادامه روش و منش شهید محراب به دنبال تربیت طلبه‌هایی است که با دیدگاه‌های خود ایشان همراهی و همسویی داشته باشند.