در مورد این‌که آیا ایشان به مرگ طبیعی از دنیا رفته و یا به شهادت رسیده‌اند روایات مختلفی وجود دارد، همسر ایشان در مصاحبه‌ای گفت که او را مسموم کرده‌اند.

حاج احمد آقا می‌گفت: دو تا کار برای خدا انجام دادم. یکی این بود که وجوهات شرعی زیادی که از امام باقی مانده بود را فوراً به شورای مدیریت حوزه علمیه قم تحویل داد.اما کار دومی که ایشان می‌گفت، حمایت تمام و کمال از مقام معظم رهبری بود.