استقلال و بی‌طرفی، از شروط و اصول اساسی و مهم در فرآیند دادرسی قضایی و غیرقضایی است و بدون وجود هر یک از آنها، فرآیند مزبور نمی‌تواند به‌عنوان یک رسیدگی مستقل، بی‌طرف و عادلانه تلقی شود. با توجه به ماهیت دولتی سازمان امور مالیاتی کشور در مقام مجری امور مالیاتی دولت، آیا می‌توان، ساز و کار رسیدگی در دوایر مالیاتی و هیات‌های حل اختلاف مالیاتی را مبتنی بر استقلال، بی‌طرفی و رسیدگی عادلانه مالیاتی تلقی کرد؟ یا باید با نفی استقلال در رسیدگی آن سازمان به‌عنوان یکی از دوایر متبوعه دولتی، مدعی «انحصار مالیاتی» به جای «استقلال مالیاتی» آن بود؟

یکی از راهکارهای رسیدگی به اختلافات در سازمان امور مالیاتی کشور رسیدگی به شکایات مودیان در هیات‌های حل اختلاف مالیاتی است که مقررات آن در فصل سوم از باب پنجم قانون مالیات‌های مستقیم از ماده ۲۴۴ تا ۲۵۱ مکرر آمده و هیات‌های حل اختلاف در دو مرحله در اجرای مواد ۲۴۴ و ۲۴۷ قانون مالیات‌های مستقیم با عنوان هیات‌های حل اختلاف بدوی و تجدیدنظر تشکیل می‌شوند.

مطالبه مالیات مانند سایر مطالبات، می‌تواند مبنای اختلاف بین فعالان اقتصادی و سازمان مالیاتی ‌باشد. عقل حکم می‌کند که برای رفع اختلاف (مانند سایر اختلافات و دعاوی) دادگاهی مستقل، حرف‌های طرفین را بشنود و کاملا بی‌طرفانه رای صادرکند، که مورد قبول طرفین باشد. آیا درخصوص اختلافات مالیاتی این‌چنین است؟!

اغلب مودیان مالیاتی به این نکته واقف‌اند که در مواقعی که به نحوه محاسبه درآمد مشمول مالیات اعتراض داشته باشند، می‌توانند با طرح اعتراض پرونده را جهت رسیدگی به هیات‌هایی ارجاع کنند که قانون مالیات‌های مستتقیم تحت عنوان " هیات‌های حل اختلاف مالیاتی " پیش بینی نموده است .