استاد حوزه و دانشگاه و قرآن پژوه معاصر با بیان اینکه امروز صدایی که از حوزه علمیه شنیده می شود، صدایی نیست که بتواند جهان را جذب کند، گفت: گاهی وقتی صحبت از حوزه قم می شود، مشخص می گردد که در تصورات اروپایی ها یک مرز روشنی میان اسلام و تشیع با جریان سلفی، وهابیت، خشونت و داعش وجود ندارد، متاسفانه گاهی رفتارها یا برخی از برخوردها و صداهایی که از ائمه جمعه منعکس می شود، صدایی نیست که جهانیان را به وحدت وادار و تشویق کند. اولین اصلاحی که باید در حوزه علمیه انجام شود این است که حوزه قم استقلال خود را حفظ کند و از دخالت های عوامل بیرونی به شدت پرهیز کند.

آیت‌الله محمد یزدی، دبیرکل جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، از اساتید حوزه علمیه که بر استقلال حوزه تأکید و طلاب را از ارتباط با نظام نهی می‌کنند، انتقاد کرد و گفت: «استقلال حوزه این نیست که انسان از حکومت جدا بشود و فاصله بگیرد و بگوید من کاری به کار حکومت ندارم.»