برخی از کارشناسان نظام گمرکی کشور را نظامی با ده‌ها و صد‌ها مشکل ریز و درشت منجر به فساد می‌دانند. سامانه‌های غیر شفاف ثبت و عمومی کردن اطلاعات، ارزیابی‌های غیر دقیق و مورد داری که بعضا صورت گرفته و فساد‌های ناشی از آن، حساسیت‌های پائین و ناکافی این سازمان به فساد ستیزی (از کجا آوردی؟) و مواردی همانند، باعث شده که این سازمان بنوعی بعنوان یکی از کانون‌های بحران آفرین اقتصاد قلمداد شود. ماجرای واردات کالا‌هایی با عنوان "سایر" به کشور چیست؟

فروشندگان و توزیع‌کنندگان مواد دخانی تولید داخل طی نامه‌ای از رییس مجلس شورای اسلامی خواستار تغییر بند الحاقی ۷ به تبصره ۶ لایحه بودجه ۱۳۹۷ که موجب افزایش ۳۵ تومانی هر نخ سیگار تولید داخلی می‌شود، شدند.