از جمله تهدید‌هایی که وضعیت بحرانی منابع آب کشور متوجه بسیاری از نقاط کشور کرده است، موضوع تنش‌های سیاسی و امنیتی است که بسیاری از مسئولان راهکار مشخصی را برای برخورد با آن در پیش نگرفته اند و بعضاً در مسیر‌هایی حرکت می‌کنند که جز تسکین مقطعی مشکل اتفاق مشخص دیگری را رقم نمی‌زند.

مشاور نظامی فرمانده‌کل قوا معتقد است یکی از دلایل حضور آمریکایی‌ها در افغانستان تأثیرگذاری بر حکومت این کشور در جهت اعمال سیاست‌هایی در حوزه آبهای مشترک بین ایران و افغانستان بوده است.