به کارگیری پر از ابهام هیئت علمی و وابستگی های خانوادگی در این دانشگاه، عدم شفافیت در مسائل مالی به گونه ای که پس از گذشت نزدیک به یک دهه از تاسیس هم چنان در مکان‌های نه چندان مناسب استیجاری اقدام به برگزاری کلاس‌های آموزشی می شود، عقب ماندگی در پرداخت حق الزحمه اساتید حق التدریس، از جمله مسائلی است که گریبانگیر مرکز علمی کاربردی کازرون می باشد