بانو خدیجه ثقفی در سال 1292ش. در تهران دیده به جهان گشود. پدر ایشان مرحوم آیت الله میرزا محمدتقی صاحب تفسیر روان جاوید از علمای متجدد تهران بود. ایشان بعد از ازدواج با امام، از تهران به قم آمدند. با شروع نهضت امام خمینی(س) دوره جدیدی از زندگی ایشان شروع شد که مصادف شد با زندان، حصر و نهایتاً تبعید امام به ترکیه و سپس عراق. در تمام این مراحل، همسر امام، همراه و همگام ایشان بودند و امام را در ادامه راه یاری می ‌کردند.

مصطفی، احمد، صدیقه، فریده و زهرا نام پنج فرزند آیت الله خمینی است که به توصیه پدر هیچ گاه از آنچه بنیانگذار جمهوری اسلامی در عرصه سیاسی برای همه ایرانیان به ارث گذاشت سهمی نبردند.