استقلال حوزه یعنی نظارت دقیق، نصیحت خالصانه، نقد منصفانه و امر به معروف و نهی از منکر عالمانه حکومت، چه اینکه امر به معروف و‌نهی از منکر غیر از آنکه واجبی همگانی است وظیفه تخصصی دانشمندان نیز هست.

محمد يزدي، رئيس جامعه مدرسين حوزه علميه قم به‌تازگي با انتقاد از برخی زمزمه‌ها مبنی بر بازگشت حوزه‌های علمیه به فضای پیش از انقلاب، گفته بود: «متأسفانه برخی با لباس روحانیت می‌گویند حوزه‌های علمیه باید به شرایط قبل از انقلاب برگردند، توجیهشان این است که حوزه علمیه نباید به حکومت و دولت وابسته باشد، اما مگر ما طرفدار وابستگی حوزه به حکومت هستیم؟».