فرآیند جمع‌آوری و انتقال آثار موزه ملی قرآن از محل فعلی در تقاطع خیابان‌های امام خمینی و ولیعصر به مجموعه سعدآباد آغاز شده است.فخرالدین صابری، مدیر موزه، اعلام کرد که انتقال از ۱۵ اردیبهشت آغاز شده و با نظارت هیأت تخصصی و رعایت ضوابط بسته‌بندی در حال انجام است. محل نهایی استقرار هنوز قطعی نیست، اما به‌طور موقت، مخزن سعدآباد یا ساختمان موزه آب در نظر گرفته شده است. هنوز زمان بازگشایی موزه مشخص نیست و سرنوشت ساختمان فعلی نیز در ابهام است. مدیر موزه تأکید کرده است که آثار اهدایی مردم همچنان با هویت موزه ملی قرآن حفظ خواهند شد.

مدیر موزه ملی قرآن کریم می‌گوید: نگاه‌مان برای تبدیل " موزه ملی قرآن کریم" به "موزه ملی هنرهای قرآنی" مثبت است، اما بسترهای انجام این کار توسط موزه هنوز مهیا نشده تا بتوانیم به جز نسخ خطی، هنرهای ملی مربوط به قرآن کریم را نیز نمایش دهیم.حجت‌الاسلام و المسلمین امیر لهراسبی مدیر موزه ملی قرآن کریم با اشاره به تهیه‌ سه ویترین جدید برای موزه با هدف نمایش آثارِ قرآنی آقاجان پرتو، از برپایی نمایشگاه‌های مختلف و مشارکت با موزه بزرگ خراسان توسط موزه قرآن خبر می‌دهد و می‌افزاید: چهار اثر از موزه ملی قرآن در موزه بزرگ خراسان به نمایش گذاشته شده است.

امیر لهراسبی گفت: ساختمان موزه‌ی ملی قرآن باتوجه به اینکه در عمق ۱۵ متری زمین واقع شده، رطوبت بسیار زیادی دارد؛ به نحوی که در فصل سرما وقتی باران می‌بارد از سقف‌های موزه آب می‌چکد و آثار با اوضاع بحرانی‌ مواجه هستند.