از مهم ترین مشکلات در مورد برگزاری کرسی ابهام در موضوعات است، یعنی افراد نمی دانند در چه موضوعاتی می شود کرسی برگزار کرد، لذا یا سیاست زدگی پیشه می­ کنند و در پشت جریان های سیاسی می ایستند یا به نوملامتی گری دست زده موضوعات زرد برمی گزینند. یادداشت زیر از آقای محمدصادق شهبازی، به این مهم می پردازد.

در راستای اجرای منویات رهبر معظم انقلاب اسلامی، در خصوص ضرورت راه اندازی کرسی های مناظره، نقد،نظریه پردازی و آزاداندیشی در دانشگاه ها ومراکز آموزش عالی و همچنین با استناد به ماده 2 نظام نامه هیأت حمایت از کرسی های نظریه پردازی، نقد و مناظره شورای عالی انقلاب فرهنگی مبنی بر ترویج آزاداندیشی در حوزه علوم انسانی ومعارف دینی، آیین نامه کرسی های آزاداندیشی در دانشگاه ها و مراکز آموزش عالی با بندهای زیر تدوین شد و پس از تصویب و ابلاغ به دانشگاه ها قابل اجراست.