برای رسیدن به این ایده آل دانشگاهی و بر اساس تاکیدات مقام معظم رهبری بر پایه ریزی و اجرای کرسی های آزاداندیشی در فضای جامعه به ویژه دانشگاه، پرداختن به این بحث ضروری است. پس در ادامه بحث اجرائیات نرم افزاری در برگزاری یک کرسی آزاداندیشی در سه حوزه ذکر می شود

کرسی آزاد اندیشی نشستی است که در آن به صورت آزاد نظامند، محترمانه،عقلانی، منطقی و شجاعانه ،در یکی از قالب های مندرج در ذیل ، در باب موضوعی معین و از پیش اعلام شده، به اظهار نظر ،پرسش و پاسخ عمیق، گفتگو ، تبادل و تضارب آراء، همراه با استدلال و ارائه مستندات پرداخته می شود.