با وجود گذشت بالغ بر 10 سال از دستور حضرت آقا در خصوص برگزاری کرسی های آزاد اندیشی در دانشگاه ها، متاسفانه شاهد ضعف شدید آنها در این نهاد علمی می باشیم. همچنین شاهد نوعی آسیب از برداشت متفاوت این مفهوم در ذهن مدیران دانشگاهی و دانشجویان هستیم.

از مهم‌ترین موهبت‌ها و نعمت‌هایی كه خداوند به بنده اش افاضه كرده ، عقل است كه هم او را از حیوانات جدا می كند و هم با فرماندهی درون و كمك گرفتن از وحی الهی ، می تواند او را به مقامی نائل كند كه مسجود فرشتگان گردد. عقل یعنی آن نوری كه با آمدن وحی الهی آنچنان شكوفا می شود كه معیار تكلیف و دینداری و مدیریت خانه و زندگی و اجتماع قرارمی گیرد. عقل یعنی سرمایه ای كه از او سودمندتر نیست. متن زیر به بحث اسلام،عقلانیت و آزاد اندیشی عقلی می پردازد.