ایجاد مناطق آزاد با ساختار جدید و بروز تداخل در اختیارات و وظایف با سایر نهادهای مستقر، در مغایرت با اصل کارایی و افزون‌تر تعهدات اداری قوه مجریه قرار دارد.

با توجه به محدودیت جغرافیایی محدوده مناطق آزاد ، طبیعتا مقدار زمین موجود جهت واگذاری به سرمایه‌گذاران، محدود است بنابراین از یک سو، زمین سرمایه برگشت‌ناپذیر مناطق آزاد است و حفظ آن در برابر سودجویان ضروری است و از سویی دیگر و در نقطه مقابل آن، واگذاری زمین به سرمایه‌گذاران واقعی از اهمیت بسزایی برخوردار است و می‌توان گفت که هر دو موضوع، دو کفه یک ترازو به شمار می‌آیند، ترازویی که لازم است همواره تراز باشد.