مناطق آزاد تجاری – صنعتی بر اساس قانون چگونگی اداره مناطق آزاد مصوب سال ۱۳۷۲ و اساسنامه‌های مربوطه اداره می‌شوند و در مواردی که پیش‌بینی نشده تابع قانون تجارت است. اینها مواردی است که ذیل ماده ۵ قانون چگونگی اداره مناطق آزاد به تصویب رسیده است. این موارد متعاقبا در بند الف ماده ۱۱۲ قانون برنامه پنجم توسعه و بند الف ماده ۶۵ قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور مورد تاکید قرار گرفته‌اند.