ورود فاضلاب‌های شهری به دو رودخانه گرگان‌رودو قره‌سو واقع در شمال و جنوب شهر گنبدکاووس این دو رودخانه قدیمی و زمانی پرآب این شهر را به ورطه نابودی کشانده است. اگرچه در دهه‌های گذشته و با هدایت فاضلاب‌های شهری و بعضاً صنعتی به‌سمت رودخانه‌ها نخستین گام برای نابودی این آبراه‌های طبیعی برداشته شد؛ اما در ادامه با احداث سدهای متعدد بر روی آن‌ها، عملاً شریان حیاتی رودخانه‌ها بریده شد.