باقری معتقد است علم دینی ذاتی دین نیست و دین منظری برای فعالیت علمی است، اما ناقد او معتقد است که علوم در ذیل دین وجود دارند و نمی‌توان جایگاه دین را به منظر فرو کاست.

آنچه که تحت عنوان موانع فرهنگی تولید علوم اسلامی در نوشتار حاضر می خوانید نگاهی آسیب شناسانه نسبت به مسائلی است که پیش از گذشت سه دهه از پیروزی انقلاب اسلامی همچنان فراروی ما چهره می نماید.نگاه درست و دقیق به آسیب هایی چون مدرک گرایی، آموزش محوری، پژوهش های سطحی، مطالعات تک رشته ای بجای میان رشته ای و ... از محورهای اصلی این نوشتار می باشد.