دبیرخانه هم اندیشی اسلامی از رضا داوری اردکانی، رئیس فرهنگستان علوم برای حضور و سخنرانی دعوت کرده بود، اما وی در این هم اندیشی شرکت نکرد و با صدور پیامی به این موضوع پرداخت.

ییس فرهنگستان علوم در نامه‌ای خطاب به دبیرخانه هم‌اندیشی اسلامی با بیان این که علم ماهیتی متفاوت با دین دارد و به این جهت نمی‌توان آن را به صفت دینی متصف کرد، گفت: وقتی مطلب سیاسی با مساله علمی خلط می‌شود، هر چه بکوشند به نتیجه نمی‌رسند. البته وجود علوم دینی محرز است، اما آنها علومی هستند که مسائلشان مسائل دینی است، ولی علم‌های دیگر هر یک مسائل خاص خود را دارند و با روش خاص به تحقیق و پژوهش در مسائل می‌پردازند.