برنامه ریزی برای ایجاد هفت منطقه آزاد جدید در کشور با وجود مشکلات فراوان در مناطق آزاد قدیمی ، با واکنش‌های متعدد و غالباً از جناح مخالف و منتقدان این طرح مواجه شده است. مناطق آزاد جدید به فراخور پیشرفت ستادی و عملیاتی هر منطقه علاوه بر برخی مشکلات و معضلاتی که کشور و مناطق قدیمی با آن دست و پنجه نرم می کنند، چالش‌های دیگری همچون نبود زیرساخت ادراکی، شناختی و قانونی بین مردم و نهادهای ذینفوذ در این مناطق، ضعف شدید زیرساخت‌های پسکرانه‌‌ای، جانمایی غیر کارشناسی (در برخی مناطق)، تصرفات غیرقانونی اراضی، ساختار سازمانی ناقص و مهمتر از همه «نارسایی اعتبار و منابع مالی ناکافی» برای بارگزاری پروژه‌های عمرانی و زیربنایی را نیز پیش روی خود می‌بینند.

شفاف سازی مأموریت مناطق آزاد و مناطق ویژه در تقسیم کار ملی بخش اقتصادی می تواند به ارتقا عملکرد مناطق آزاد و ویژه بینجامد. بر این قاعده جا دارد مروری به جایگاه مناطق آزاد تجاری صنعتی در سیاست های کلی ابلاغی، احکام دائمی و برنامه هفتم توسعه کشور صورت پذیرد که قبلا به قلم سعید پورعلی عضو هیات علمی جهاد دانشگاهی بدان پرداخته شده است. از طرف دیگر ، شكل نگرفتن بازارهای مالی متناسب با نظامات بین المللی حاكم بر بازار پول، سرمایه و بیمه در كنار ریسك های سیاسی تحمیلی علیه كشورمان از دیگر چالش های موجود در راه رسیدن به اهداف مناطق آزاد است که با توجه به طرح «بازنگری در اهداف» اولویت اصلی اصلاح قانون مناطق آزاد به قلم فردین کریمی بدان اشاره شده است. دکتر مسرور برای موفقیت در مناطق آزاد نیازمند تیم سازی بر پایه گیم تئوری بوده و این مناطق نیازمند برنامه ریزی چند سطحی توسعه گرای چابک ، می باشند.

یکسال از انقلاب ایران گذشته بود که شورای موقت دولت تصمیم گرفت لایحه واردات کالا با استفاده از معافیت گمرکی در جزیره کیش را پیاده کند. این قانون سنگ بنای «تاسیس مناطق آزاد و تجاری-صنعتی در ایران» بود که سیر قانونگذاری و تصویب آن بیش از یک دهه طول کشید و بالاخره تا سال ۱۳۶۸ جزایر کیش، قشم و چابهار به عنوان مناطق آزاد ایران شناخته شدند. برای تصویب این قانون حدود یازده سال جلسه گذاشته شد. لایحه و طرح نوشتند و لغو کردند؛ قانون معارض نوشتند و تصحیح شد، مصوبه از سر گذراندند و تغییر دادند و ... نهایتا قانونی تصویب شد و البته مصوباتی به آن اضافه کردند تا بالاخره مسئولان جمهوری اسلامی ایران به چنین اقدامی رضایت دهند. پس از آن پس تا سال ۱۳۹۲ تاسیس مجموعا ۸ منطقه آزاد و چند منطقه ویژه مورد تصویب مجلس قرار گرفت و فعالیت آن‌ها شروع شد.

مناطق آزاد تجاری و ویژه اقتصادی در ایران با هدف گریز از اقتصاد بسته دولتی شکل گرفتند و از ابتدا برنامه ریزی شده بود که این مناطق برای کشور سودآوری داشته باشند.تاکنون ۷ منطقه آزاد تجاری با هدف رشد و توسعه اقتصادی در کشور ایجاد شده و برخلاف برنامه‌ریزی‌هایی که برای سودآوری شده بود، ایجاد این مناطق باعث ضربه به وضعیت معیشتی مردم شده است.

میرمحمدی گفت: در بحث قوانین مبارزه با قاچاق کالا و ارز باید فرهنگسازی جدی صورت بگیرد تا مبارزه همگانی شکل گیرد چراکه یک میلیون دلار قاچاق یک میلیون فرصت شغلی را از بین می‌برد.

کارشناسان معتقدند باید مجوز مناطق آزادی که در چند سال گذشته نتوانستند نمره قابل قبولی کسب کنند، لغو شود.

یک عضو اتاق بازرگانی با اشاره به مشکلات مناطق آزاد همچون افزایش قاچاق و کاهش صادرات اظهار کرد: در حال حاضر سوء مدیریت مناطق آزاد به عنوان ابرچالش این مناطق محسوب می‌شود