استان‌های مرزی علاوه بر موقعیت ترانزیتی، ظرفیت‌های گسترده‌ای در حوزه کشاورزی دارند. خوزستان، آذربایجان غربی و کردستان جزء استان‌هایی هستند که بیشترین تولیدات کشاورزی را دارند و در استان‌های دیگری مثل سیستان و بلوچستان نیز توسعه کشاورزی می‌تواند معیشت مرزنشینان را بهبود بخشد. ساکنان این مناطق به شدت محتاج آب هستند و به همین دلیل مدیریت آب‌های مرزی مهم است.