یکی از کارهایی که در کشت دوم برنج باید انجام شود، استفاده از سموم فراوان برای از بین بردن کرم نسل سوم ساقه‌خوار است، سمومی که مدت ماندگاری فراوانی در گیاه برنج دارند و به نظر می‌رسد این امر برای سلامت انسان خطرآفرین است. هرچند محققان راهکارهایی را برای کاهش استفاده از این سموم به دست آورده‌اند اما همچنان کشاورزان به این شیوه سنتی خود ادامه می‌دهند.