پرونده‌ی محیط زیستی‌ها که در ابتدا با اتهام جاسوسی طرح شد، میان دو دستگاه اطلاعاتی اصلی کشور چالشی را برسر تعریف جرم جاسوسی ایجاد کرد. وزارت اطلاعات معتقد بود که محیط زیستی‌های بازداشتی جاسوس نیستند ودیگر نهاد امنیتی معتقد بود که جاسوس‌اند.

نهی رهبر معظم انقلاب از موازی‌کاری با دولت، مسأله‌ای راهبردی و کلیدی برای ایجاد توازن میان دو مقوله مسئولیت و اختیار است. ایشان در دیدار اخیر خود با اعضای مجلس خبرگان تأکید کردند: «دعوا کردن راه اصلاح نیست، همچنان که ایجاد تشکیلات و کار موازی با دولت نیز به صلاح و موفق نخواهد بود و تجربه ثابت کرده است کار باید به وسیله مسئولان آن، در مجاری قانونی انجام بگیرد.»