اگر چه سازمان مجازی شکل مبتنی بر وب سازمان سنتی است، اما ویژگی‌های متعددی دارد که منجر به تفاوت آن با سازمان سنتی می‌شود. در واقع، ویژگی‌های منحصر به فرد سازمان‌های مجازی مانند پراکندگی (به معنای محل پراکنده کارکنان)، توانمندسازی، پویایی و وابستگی متقابل، آنها را با سازمان‌های سنتی متفاوت می‌سازد.