کارشناسان حوزه محیط‌زیست می‌گویند کابوس‌ها و نگرانی‌هایی که پیش از آمدن عیسی کلانتری به سازمان محیط‌زیست داشتند، اکنون به تحقق پیوسته و حرف و عمل کلانتری در حوزه‌های مختلف متناقض بوده است‌. ریاست عیسی کلانتری بر سازمان محیط‌زیست از همان زمان که نامش به‌عنوان یکی از گزینه‌های ریاست این سازمان مطرح شد با نگرانی‌هایی میان کارشناسان و فعالان محیط‌زیست همراه بود‌. منتقدان کلانتری نگران نگاه سازه‌ای و همچنین عدم حاکمیت نگاه محیط‌زیستی در حوزه‌های مدیریتی پیشین وی بودند‌. این منتقدان می‌گفتند کلانتری کسی است که توسعه نیشکر را در خوزستان گسترش داد و این موضوع منجر به نابودی و دست‌کم خسارت‌های گسترده در محیط‌زیست این استان شد‌. همچنین طرح پیشنهادهای گوناگون سازه‌ای ازجمله انتقال آب برای نجات دریاچه ارومیه به این نگرانی دامن زده بود‌. حمایت از محصولات تراریخته از دیگر نگرانی‌های فعالان محیط‌زیست نسبت به ریاست کلانتری بر این سازمان بود‌. نگرانی‌هایی که اکنون با گذشت یک‌سال از حضور او در این سازمان دشواری چندانی برای قضاوت درباره عملکرد او به‌جا نمی‌گذارند‌.