پایه و فونداسیون سی و سه پل به گونه‌ای طراحی شده که استحکام آن تنها در رطوبت است و خشکی ادامه‌دار رودخانه در درازمدّت،امکان خطر برای سی‌وسه‌پل را بسیار فراوان می کند.

بیش از یک دهه است که خشکسالی در استان اصفهان آغاز شده و پیامدهای ناگواری را به دنبال داشته است. این خشکسالی‌های پیاپی زاینده رود و پل‌های تاریخی اصفهان را با تهدیدی جدی رو به رو کرده است. همچنین ترک و شکاف‌های گسترده‌ای که بر روی سی‌وسه پل پدیدار شده، خطر جدی برای ادامه حیات این شاهکار تاریخی به‌وجود آورده است.