هیأت عالی نظارت مجمع تشخیص مصلحت نظام، اگرچه از منظر عضو این نهاد در بسیاری از لوایح و طرح‏‌های مجلس بی سر و صدا اعلام نظر کرده، اما موضعگیری‌اش درباره لوایح مرتبط با FATF به محل مناقشه تبدیل شده است. آنچنان که برخی از آن به عنوان «شورای نگهبان دوم» یاد می‎کنند و برخی دیگر آن را خلاف قوانین و رویه موجود می‌‏دانند. غلامرضا مصباحی مقدم ، عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام با تعریف از ساختار این هیأت، آنانی که این مرجع را مورد انتقاد قرار می‎دهند «بی‏‌اطلاع» می‌داند.

یک حقوقدان معتقد است نظارت بر حسن اجرای سیاست های کلی نظام که به وسیله هر فرد یا گروهی و یا حتی کل مجمع تشخیص مصلحت صورت گیرد، نمی تواند مرحله ای از فرایند قانون گذاری در جمهوری اسلامی را تشکیل دهد زیرا این فرایند در قانون اساسی به طور مشخص بیان شده است