رهبر معظم انقلاب اسلامی در دیدار وزیر و معاونان وزارت اطلاعات با تأکید بر همکاری و هماهنگی دستگاه‌های اطلاعاتی با یکدیگر در همه سطوح، توجه ویژه مجموعه‌های اطلاعاتی به تزکیه اخلاقی و مسائل معنوی را نیز مهم و ضروری دانستند.رهبر انقلاب یکی از وظایف دستگاه اطلاعاتی را همکاری با دولت خواندند و گفتند: وزارت اطلاعات با همه دولت‌ها باید همکاری کامل داشته باشد تا دولت مستقر بتواند وظیفه سنگین اداره کشور را به‌خوبی انجام دهد.

در ساعات ابتدایی بعد از انتشار خبر ترور «اسماعیل هنیه»، رییس دفتر سیاسی حماس در تهران، ویدئویی قدیمی از علی یونسی، وزیر پیشین اطلاعات با محوریت نفوذ اسرائیل مورد بازنشر و بازخوانی قرار گرفت. یونسی، وزیر اسبق اطلاعات در خرداد ۱۴۰۰ گفته بود «نفوذ موساد در بخش‌های مختلف کشور به حدی‌ست که جا دارد همه مسئولین جمهوری اسلامی برای جان خودشان نگران باشند». محمود احمدی‌نژاد در خرداد ۱۴۰۰ در گفت و گوی تصویری درباره «باند فاسد امنیتی» مدعی شد که «رئیس میز مبارزه با نفوذ اسرائیل در ایران، خود جاسوس اسرائیل است.». در سال ۱۳۹۶، غلامعلی جعفرزاده ایمن آبادی، نماینده وقت مجلس گفته بود «حداقل ۵-۶ سال قبل جزء اولین کسانی بودم که از فساد بقایی و از ارتباطات سیاسی مخفیانه احمدی‌نژاد و تیمش با سرویس‌های جاسوسی گفتم. منتها آن زمان به من گفتند زود گفتی و نباید می‌گفتی. بعد از آن صحبت‌ها خیلی اذیت شدم.»

محسن هاشمی در واکنش به ادعای سکوت آیت‌الله هاشمی در مقابل برخی اقدامات وزارت اطلاعات در حساب شخصی‌ توئيترش نوشت: «موارد متعددی از تذکرات صریح ایشان به عنوان رییس جمهور، به وزیر اطلاعات قید شده و ایشان در زمان تشکیل دولت دوم، قصد جابجایی وزیر اطلاعات را داشت.»

وزیر اطلاعات در جلسه عصر امروز کمیسیون امنیت ملی مجلس گفته است که وزارتخانه متبوعش مسئول دوتابعیتی در دولت نمی‌شناسد.