بحث استقلال حوزه‌های علمیه، پس از نامه‌نگاری آیت‌ا... یزدی خطاب به آیت‌ا...العظمی شبیری زنجانی، دوباره در میان روحانیون و فضای رسانه‌ای کشور به جریان افتاد. فاضل میبدی با تاکید بر اصل استقلال فکری حوزه گفت: مردم بسیاری از مسائل و ناکامی‌ها را به پای روحانیت می‌گذارند.