اگرچه براساس قانون از منابع صندوق توسعه ملی سهمی به دولت نمی‌رسد، اما طبق مجوزهای قانونی در سال‌های اخیر بدهی‌هایی در قالب تسهیلات دریافتی از سوی دولت به صندوق ایجاد شده است که طبق گفته رئیس هیات عامل آن از سال آینده بازپرداخت بدهی‌های دولت آغاز خواهد شد.