آیت الله سید حسین موسوی تبریزی، حضور مراجع تقلید در حوزه را کم‎رنگ دانست و علت آن را دخالت‎ برخی از نهادهای خارج از حوزه عنوان کرد و گفت: این مسئله هم حوزه را از نظر علمی ضعیف نگه داشته و هم از نظر اخلاقی. مضافا بر اینکه نفوذ مراجع تقلید را هم در میان طلبه‎ها کمتر کرده است.

سید علی خامنه ای قبل از آن که راهی قم شود از طلبه های با سواد و فاضل مشهد شناخته می شد و مورد توجه ویژه ی علمای مشهد و به ویژه آیت الله سید محمد هادی میلانی بود.