باشگاه‌های حرفه‌ای فوتبال به‌ویژه استقلال و پرسپولیس با مشکلات و چالش‌های متعدد مالی و عملیاتی روبه‌رو هستند که بخش زیادی از آنها، از ساختار مالکیت و نحوه مدیریت باشگاه‌ها نشأت می‌گیرد. تحت تاثیر مالکیت دولتی و شکل‌گیری سیستم مدیریتی بسته و عدم مشارکت موثر هواداران در اداره باشگاه، مکانیسم‌های تصمیم‌گیری در این باشگاه‌ها شفاف نیستند و به‌تبع آن سیستم‌های نظارتی نیز در این رابطه ناکارآمدند.حاکمیت شرکتی رویه‌ها و اقداماتی است که شرکت‌ها از طریق آن اداره می‌شوند و به‌وسیله آن پاسخگوی ذی‌نفعان مختلف خواهند بود. استانداردهای سطح بالای حاکمیت شرکتی، برای بقا و پایداری یک باشگاه فوتبال نیز ضروری است؛ با این وجود سیستم‌های حاکمیت شرکتی در باشگاه‌های استقلال و پرسپولیس بسیار ضعیف هستند.