بررسی‌ها نشان می‌دهد که نبود یک فرآیند دقیق و شفاف برای تامین مالی طرح‌های بلندمدت دولت و ایجاد انحراف در طرح‌های درمانی به‌خصوص طرح تحول سلامت دو وجه اصلی ایجاد اختلاف میان وزارتخانه بهداشت و سازمان برنامه و بودجه را تشکیل دادند.