وابستگی ۸۰درصدی کشور به واردات نهاده‌های دامی و هر گونه اختلال در تامین و توزیع این نهاده ها، تولید محصولاتی از جمله مرغ، تخم‌مرغ، شیر و گوشت قرمز را با چالش‌های متعددی مواجه کرده است. کارشناسان معتقدند عدم‌تخصیص و تامین ارز، ناکارآمدی سیستم توزیع و سیاستگذاری دستوری در زمینه قیمت، سامانه بازارگاه و بوروکراسی‌های گمرک اصلی‌ترین چالش‌ها در مسیر تامین نهاده هاست. به گفته فعالان اقتصادی، از یکسو اختلالات ایجاد‌شده در بازار و نوسانات قیمتی محصولات پروتئینی در ماه‌های اخیر و از سوی دیگر میزان نهاده‌هایی که در سامانه بازارگاه عرضه می‌شود (که تنها حدود ۲۰ تا ۳۰‌درصد خوراک موردنیاز تولیدکنندگان کشور را تامین می‌کند) پاسخگوی نیاز تولیدکنندگان نیست. ضمن اینکه ایراداتی بر نحوه توزیع همین میزان نهاده در سامانه بازارگاه وارد است که حاکی از عدم‌شفافیت در برخی جنبه هاست؛ بنابراین این عده معتقد هستند اگر دولت چهاردهم نتواند چالش‌های ذکر شده را رفع کند طی سال‌های آتی این تنش‌ها با نوسانات چند برابری به بازار این صنعت وارد شده و باز‌تاب آن امنیت غذایی را به چالش خواهد کشید.

بسیاری از مسئولان بر این باورند که با توجه به ذخایر کافی اقلام اساسی و نبود مشکل در تولید و واردات، جای هیچ گونه نگرانی مبنی بر نوسان قیمت در بازار نیست.