گزارش ها حاکی از آن است که یکی از عوامل اصلی اختلاف متیس و ترامپ به موضوع ایران مربوط می شود؛ جایی که ترامپ و پمپئو، خواهان بیشترین فشار بر ایران حتی در زمینه نظامی بوده اند و متیس نیز در برابر هرگونه ماجراجویی علیه ایران مقاومت می کرد. در همین زمینه، پایگاه آمریکایی «آکسیوس» در گزارشی از مباحثی در کاخ سفید پیرامون قایق های تندروی ایرانی و اختلافات میان ترامپ و متیس پرده برداشته است.