کاهش شدید بودجه معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری در سال ۱۴۰۴، زنگ خطری برای آینده نوآوری و توسعه فناوری در کشور به شمار می‌رود. محمدرضا کاشفی، نسبت به توقف پروژه‌های کلیدی در حوزه‌های هوش مصنوعی و میکروالکترونیک به دلیل کمبود شدید منابع مالی هشدار داد.در بودجه سال جدید، عددی معادل ۲۳.۹همت در بند «ت» ماده ۹۹ قانون برنامه هفتم قرار دارد که با توجه به این عدد در حال حاضر بودجه معاونت ۵۰درصد کاهش منابع نسبت به سال قبل دارد. وی هشدار داد: با نرخ بالای ارز، امکان تعریف پروژه‌های جدید در سال آینده وجود نخواهد داشت و پروژه‌های فعلی نیز با خطر توقف مواجه هستند. این امر می‌تواند به رکود در حوزه فناوری و آسیب‌های جدی به شرکت‌های دانش‌بنیان (تا ۳-۴ سال و حتی بیشتر) منجر شود.

با انتشار لایحه بودجه ۹۸، حوزه‌هایی همچون علم و فناوری قدری با بی‌مهری روبه رو شده‌ و معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری و زیر مجموعه‌های آن را به دردسر انداخته است.