فصل دوم سریال «بچه مهندس» در حالی به پایان رسید که بر خلاف فصل اول خود با حواشی بسیاری همراه بود. بزرگ‌ترین حاشیه این سریال مربوط به سکانسی بوده که در آن شخصیت اصلی این سریال که پسری به نام جواد است، به فرودگاه رفته و از شخصیت دیگر این سریال که دختری به نام مژگان است خداحافظی می‌کند.