برداشت بی‌رویه از آب‌های زیرزمینی یکی دیگر از چالش‌های کشورها در بخش آب است. در حال حاضر در بسیاری از نواحی کشور سطح سفره‌های آب زیرزمینی افت کرده و با توجه به خشک‌سالی‌های اخیر افزایش بهره‌برداری از آب‌های زیرزمینی تشدید شده و خسارت غیر‌قابل‌جبرانی را به منابع آب زیرزمینی کشور وارد آورده است.