ارايه و اجراي انديشه و برنامه حكومتي امام خمینی روي سياست گام به گام استوار بود و نبایدبا سطحی نگری های احتمالی اقدام به نادیده انگاری جریان تکاملی اندیشه ورزی و اقدام ایشان نمود. موضوعی که کم توجهی بدان می تواند بعنوان آفتی در نظام جمهوری اسلامی ایران قلمداد گردیده و حتی سبب ایجاد انواع جریان های انحرافی گردد. قرائت های خاص آیت الله مصباح از برخی فرمایشات و اقدامات امام بستر ساز بوجود آمدن جریاناتی خاص در نظام های امنیتی و قضایی کشور شد. قرائت های خاص در دولت اول آقای محمود احمدی نژاد و منظومه فکری برخی از افراد در ابتدای دولت سیزدهم آقای رئیسی نیز ، نمونه هایی از پیامدهای نگاه غیر فراگیر به سیر تکاملی بیانات و اقدامات حضرت امام توسط مدیران اجرایی یا سیاستمداران و افراد تاثیرگذار ، می تواند تلقی شود.جریان تکاملی اندیشه و عمل حضرت امام در برداشتی، می تواند به پنج گام تقسیم بندی شود. نخستين گام امام خميني نفي سلطنت و طرح حكومت اسلامي در نجف بوده است. گام دوم: طرح جمهوري اسلامي در پاريس،گام سوم: طرح مساله زمان و مكان و تشخيص مصلحت، گام چهارم: طرح ولايت مطلقه، گام پنجم: بازنگري و راه بازنگري قانون اساسي. اندیشه ورزی و تعمق در سنت بنیان‌گذار جمهوری اسلامی ایران از منظر مطالعه آثار، سیره و روش امام خمینی در تاسیس نظام و یک دهه اداره کشور توسط ایشان،می تواند راهی برای برون رفت از برخی آسیب های وضع موجود و حرکتی هدفمندتر به سوی آینده ای روشن ، قلمداد گردد.محمدکاظم تقوی در یادداشت زیر به دو مطلب در رابطه با مسئله «حکومت اسلامی» در اندیشه امام خمینی ،پرداخته است.

آنچه که در این اظهارات در رابطه با گفتگوی وزیر وقت فرهنگ و ارشاد اسلامی (جناب حجه الاسلام و المسلمین آقای سید محمد خاتمی) با امام خمینی و ادعای «دستور حضرت امام به ایشان در استفاده از آواز تک خوانی زن در برنامه های ارشاد»، بیان گردیده است بنا به اسناد این مؤسسه و همچنین بنا به تکذیب جناب آقای خاتمی در پاسخ به استفسار موضوع از ایشان، صحیح نبوده و با واقعیت امر تفاوت فراوان دارد.

پیرو اعلام قبلی مبنی بر انتشار مستندات جدید در خصوص اصالت نامه‌های امام درباره آیت الله منتظری و نهضت آزادی دکتر حمید انصاری قائم مقام موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی (س) با انتشار این اسناد به ادعا‌های صورت گرفته پاسخ داد.