مرکز پژوهش‌های مجلس در مطالعه‌ای با عنوان «آسیب‌شناسی اجرای قانون مالیات ارزش افزوده»، به بررسی مسائل و چالش‌های سیاست مالیات ارزش افزوده پرداخته است. در این مطالعه چالش‌های این حوزه به ۳ دسته کلی «الگوی نامناسب حکمرانی در نظام مالیاتی کشور»، «چالش‌های قانونی» و «چالش‌های موجود در فرآیند اجرا» تقسیم شده‌اند.بر اساس مطالعه مرکز پژوهش‌های مجلس یکی از دلایل اصلی ناکامی‌های سیاست مالیات ارزش افزوده در ۱۰ سال اخیر، عدم وجود یک نظام مناسب حکمرانی و ضعف‌ ناشی از دستگاه سیاست‌گذار بوده است.

۵۰ هزار میلیارد تومان معافیت و مشوق مالیاتی در اقتصاد ایران قرار است امسال سروسامان داده شود؛ معافیت‌ها و مشوق‌هایی که بعضا فضای کسب و کار را برای سایر فعالان اقتصادی غیررقابتی کرده است.گفته می‌شود حجم معافیت‌ها و مشوق‌های مالیاتی در کشور بدون لحاظ معافیت مالیاتی در بخش مالیات بر ارزش افزوده، ۵۰ هزار میلیارد تومان است و از سویی دیگر پایه‌های قابل اتکایی برای اخذ مالیات مستقیم وجود ندارد و بیشتر مالیات دریافتی نیز مالیات بر حقوق و دستمزد است که از کارمندان و حقوق بگیران دریافت می‌شود.

مالیات در کشورهای توسعه یافته یکی اصلی‌ترین منابع تأمین بودجه دولت است، به‌طوری که نسبت مالیات به تولید ناخالص داخلی حتی به بیش از 46 درصد می‌رسد. این نسبت در کشورهای توسعه یافته روندی صعودی دارد و هر سال بیشتر می‌شود.به‌عنوان مثال بر اساس آمار سازمان همکاری و توسعه اقتصادی نسبت مالیات به تولید ناخالص داخلی در کشورهای عضو این سازمان طی سال ۲۰۱۶ میلادی به‌طور متوسط ۳۴.۳ درصد بوده و در سال گذشته میلادی به بیشترین میزان خود از زمان ثبت این آمار رسیده است.