یکی از انتقادات وارده به ساختار صنعت خودرو، تعارض منافع است، به عنوان مثال وزارت صنعت از طریق سازمان گسترش صنایع و نوسازی ایران به عنوان یکی از سهامداران دو خودروساز، هم مدیرعامل انتخاب می‌کند، هم قیمتگذاری می‌کند و هم بر عملکرد خودروسازان نظارت می‌کند. از این رو مشخص نیست که صنعت خودرو دارای چه ساختاری است؟وزارت صنعت مدعی است که به لحاظ شکلی خودروسازان به بخش خصوصی واگذار شده‌اند و لذا به دلیل سهم حداقلی دولت، دو خودروساز بزرگ کشور خصوصی هستند ولی از طرف دیگر شواهد و قرائن نشان از آن دارد که مدیرعامل این دو خودروساز با نظر وزیر صنعت انتخاب می‌شود.