وقوع سیل علاوه بر خسارت های مالی، مشکلات و چالش‌های بهداشتی و آسیب های روحی و روانی به دنبال دارد که عدم توجه به آنها، به مراتب وخیم تر از هزینه های اقتصادی سیلاب خواهد بود.بعد از وقوع سیل ما شاهد وجود آب‌های آلوده و همچنین رشد حیوانات موذی و جانوران گزنده و به دنبال آن بروز بیماری‌های عفونی در این مناطق هستیم زیرا تداخل فاضلاب شهری و خانگی با آب مصرفی، احتمال بروز بیماری‌های عفونی را افزایش می‌دهد،میکروب لپتوسپیروز که انسان را به زردی مبتلا می‌کند نیز از طریق پوست و آب آلوده می‌تواند منتقل شود.