مرکز پژوهش‌های مجلس در مطالعه‌ای با عنوان «آسیب‌شناسی اجرای قانون مالیات ارزش افزوده»، به بررسی مسائل و چالش‌های سیاست مالیات ارزش افزوده پرداخته است. در این مطالعه چالش‌های این حوزه به ۳ دسته کلی «الگوی نامناسب حکمرانی در نظام مالیاتی کشور»، «چالش‌های قانونی» و «چالش‌های موجود در فرآیند اجرا» تقسیم شده‌اند.بر اساس مطالعه مرکز پژوهش‌های مجلس یکی از دلایل اصلی ناکامی‌های سیاست مالیات ارزش افزوده در ۱۰ سال اخیر، عدم وجود یک نظام مناسب حکمرانی و ضعف‌ ناشی از دستگاه سیاست‌گذار بوده است.