مواضع سیاسی آیت الله سیستانی همگام با تحولات عراق تغییر کرد. مثلا وقتی که اواخر ماه اکتبر گزارش‌هایی درباره احتمال مداخله حشدالشعبی برای سرکوب تظاهرات منتشر شد، دفتر آیت الله سیستانی در بیانیه روز یکم نوامبر که در خطبه نماز جمعه کربلا قرائت شد، بر لزوم اجتناب از رویارویی نیرو‌های امنیتی با معترضان تاکید کرد. یک هفته بعد، آیت الله سیستانی تلویحا از حشدالشعبی تقدیر کرد.

روز گذشته اکونومیست در گزارشی به وجود دوگانه مرجعیت شیعه در دو شهر قم و نجف اشاره کرده و از تغییر جهت مرجعیت از ایران به سمت قم سخن گفته بود. امروز واشنگتن پست در گزارش مشابهی به باور مرجعیت تجف بر نقش مشورتی روحانیت در برابر تز ولایت فقیه در قم اشاره کرده و مدعی شده ایران به دنبال سلطه بر حوزه نجف است. آنچه قابل توجه است شباهت این دو گزارش در تلاش آنها برای ایجاد شکاف میان جامعه شیعه است که بی تردید بر خوانندگان این آثار پوشیده نیست.